総務省からサイバー攻撃への対処に関して報告書が出ています。P.16-18には 通信の秘密についての基本的な考え方が記されています。基本的に通信の 秘密は守られるべきですが、例外もあります。下記に引用します。

通信当事者の同意を得ることなく通信の秘密を侵した場合であっても、正
当防衛（刑法第36条）、緊急避難（刑法第 37条）に当たる場合や、正当行
為（刑法第35条）に当たる場合等違法性阻却事由がある場合には、例外的
に通信の秘密を侵すことが許容されることになる。